La Plateforme d’Analyse Protéomique Paris Sud-Ouest (PAPPSO), plateforme protéomique de l’INRAE, est dirigée par deux ingénieures de recherche, Céline Henry et Mélisande Blein-Nicolas. C. Henry dirige les opérations sur le site de Jouy-en-Josas, tandis que M. Blein-Nicolas gère le site du Moulon. L’équipe comprend neuf personnes permanentes, dont des spécialistes en bio-informatique et en spectrométrie de masse. En étroite collaboration avec les équipes de Micalis, le PAPPSO intègre les analyses protéomiques dans les projets de recherche, améliorant ainsi la compréhension des systèmes biologiques. Tout en servant principalement les équipes d’Île-de-France, l’OPSPA collabore également avec ses homologues français et européens. Engagée dans 30 projets financés par an, l’UPPA contribue à environ 18 publications par an, favorisant les échanges interdisciplinaires et l’innovation.
L’installation PAPPSO Jouy offre aux équipes de recherche un équipement, des compétences et une expertise de pointe en protéomique, leur permettant d’aborder des questions à la fois simples et complexes. Celles-ci incluent la quantification des protéines dans des échantillons complexes comme la métaprotéomique (en particulier l’intestin humain), la dynamique des modifications post-traductionnelles, la peptidomique, et la composition des protéines dans les vésicules extracellulaires à travers différentes matrices. Ces services sont fournis dans le cadre de projets et de contrats de collaboration. Le PAPPSO est ouvert aux collaborations nationales et internationales.
L’installation PAPPSO est née de la fusion de deux plates-formes complémentaires. L’une est située à Jouy-en-Josas et se spécialise dans la protéomique des procaryotes, réalisant également des analyses sur les eucaryotes, tandis que l’autre est située à Gif-sur-Yvette (Le Moulon) et se concentre sur la protéomique des plantes. La responsable scientifique du PAPPSO est Mélisande Blein-Nicolas (contact : melisande.blein-nicolas@inrae.fr). Le PAPPSO Jouy a pour référents quatre scientifiques de Micalis : Alessandro Pagliuso, Marianne De Paepe, Christel Archambaud et Pierre Larraufie. La complémentarité de leurs expertises permet à l’installation PAPPSO de proposer différents types d’analyses, dont la séparation de protéines ou de peptides et les techniques de shotgun. La PAPPSO est spécialisée dans la protéomique à haut débit (analyse quantitative de grandes cohortes d’échantillons) et dans l’analyse d’échantillons très complexes (métaprotéomique). La plate-forme développe également des outils bioinformatiques pour traiter ces expériences et fournit un soutien aux utilisateurs pour l’interprétation des données.
