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Clostridium difficile est responsable d’une grande partie des diarrhées post-antibiotiques et de la plupart des colites pseudo-membraneuses chez l’homme, ainsi que de nombreuses infections intestinales chez le bétail. La première étape de l’infection à C. difficile (CDI) correspond à la colonisation de l’hôte. Cette étape est rendue possible par une dysbiose du microbiote, consécutive la plupart du temps à une exposition aux antibiotiques. La rupture de l’effet barrière qui en résulte favorise la germination des spores infectieuses et l’implantation de C. difficile dans sa niche intestinale. Les signes cliniques résultent de l’effet des toxines (principaux facteurs de virulence) sur les cellules et les tissus intestinaux. On sait que l’issue de l’infection est liée à la virulence de la souche mais aussi à l’intensité de la réponse de l’hôte, à la fois innée et adaptative. En effet, la réponse inflammatoire, essentielle pour l’élimination du pathogène, peut également exercer un effet délétère sur l’hôte si elle n’est pas contrôlée. L’ICD est traitée par des antibiotiques mais des infections récurrentes se produisent fréquemment, conduisant chez certains patients à des expériences de récurrences multiples, c’est-à-dire des rechutes la plupart du temps. La persistance de la souche initiale chez le patient, dans un état de colonisation asymptomatique, a longtemps été liée à la production de spores, mais récemment l’hypothèse de la persistance de C. difficile dans un biofilm a également été proposée.

 Avec plus de 20 ans de recherche sur C. difficile, notre équipe est reconnue pour avoir une grande expertise sur la pathophysiologie du C. difficile et l’ICD. Nos objectifs sont à la fois d’approfondir les connaissances de base sur les interactions entre C. difficile et l’hôte et d’identifier de nouvelles stratégies pour lutter contre l’ICD. Plusieurs projets ont été développés pour répondre à ces questions : les mécanismes sous-jacents à l’augmentation du risque infectieux suite à une dysbiose du microbiote intestinal ; l’étude de la formation et de l’architecture du biofilm de C. difficile pour comprendre les interactions avec la muqueuse digestive ; la caractérisation de plusieurs composants polymériques importants de la surface bactérienne (e.. flagelles, polysaccharides, peptidoglycane) comme nouvelles cibles pour l’inhibition de C. difficile ; l’étude de la réponse innée (et sa régulation) et adaptative de l’hôte aux facteurs de virulence ; le développement d’innovations thérapeutiques telles que les vaccins muqueux ou les probiotiques. Ces projets sont regroupés en 4 axes thématiques (voir ci-dessous).

Pour mener à bien ces projets, l’unité comprend actuellement, en tant que personnel permanent, 12 enseignants-chercheurs, 2 techniciens (recherche et enseignement) et une secrétaire. Un troisième technicien (recherche et enseignement) et un aide de laboratoire sont présents en tant que contrat à durée déterminée rémunéré par la Faculté de pharmacie. Nous encadrons actuellement 3 doctorants, 3 M2, 3 ingénieurs de recherche et un assistant ingénieur sur ressources propres (contrats externes). Nous disposons d’une variété d’outils et d’expertises, dans les bactéries anaérobies, la bactériologie moléculaire et la manipulation génétique des Clostridia, la microbiologie cellulaire, la microbiologie médicale, et les modèles d’ICD chez les rongeurs.