Pour les pathogènes bactériens qui présentent des niveaux de résistance aux antibiotiques de plus en plus élevés, les phages deviennent une alternative sérieuse pour le traitement.

• Nous avons isolé et caractérisé des phages virulents contre des isolats cliniques d’Enterococcus faecalis et E. faecium, pathogènes listés par l’OMS pour lesquels de nouveaux médicaments sont urgemment nécessaires, en collaboration avec les Drs Serror et Repoila (CPE@Micalis), et le Dr Cattoir (U. Rennes, INSERM). Face au fait que la plupart des phages naturels n’infectent que quelques souches au sein d’une espèce donnée, nous avons développé une expertise dans les expériences d’évolution pour élargir la gamme d’hôtes des phages.
• Afin de combattre un autre pathogène opportuniste, l’équipe a collaboré avec Phaxiam (anciennement Pherecydes Pharma) et a exploré les relations phage-hôte pour un ensemble de Pseudomonas aeruginosa infectant des phages virulents.
• L’utilisation des phages pour lutter contre l’antibiorésistance exige que leurs génomes soient annotés au mieux de nos connaissances. L’équipe a contribué à l’optimisation d’outils tels que PHROGS (avec le Dr Enault, U. Clermont Auvergne) pour l’annotation et la classification des génomes de phages.
• La pleine efficacité de l’éradication bactérienne par les phages repose sur leur capacité à lyser toutes les bactéries qu’ils infectent. Nous explorons actuellement un cycle phagique peu étudié appelé pseudolysogénie, dans lequel les phages virulents interrompent leur cycle lytique et sont maintenus à l’intérieur de leur hôte dans un état semi-dormant, à l’instar des phages tempérés.