L’Institut Micalis a pour mission de mener des recherches novatrices dans le domaine de la microbiologie de l’alimentation au service de la santé. Nous cherchons à élucider les relations complexes entre les aliments, les bactéries d’origine alimentaire et le microbiote intestinal, en explorant leurs liens avec la santé humaine et les maladies causées par des agents pathogènes d’origine alimentaire. Nos recherches vont de la microbiologie moléculaire à l’écologie synthétique et se concentrent sur les interactions entre les micro-organismes commensaux et pathogènes et les cellules hôtes. Grâce à la recherche translationnelle, nous appliquons ces connaissances pour relever les défis sociétaux en matière de sécurité alimentaire, de santé humaine et animale et de biotechnologie, en transformant les découvertes scientifiques en applications pratiques.
Le pole Adaptation bactérienne et pathogénie (BAP) comprend 10 équipes Micalis qui contribuent collectivement à faire progresser notre compréhension du comportement microbien dans les domaines de la sécurité alimentaire, des interactions hôte-pathogène et des mécanismes d’adaptation microbienne. La recherche au sein de la BAP couvre un large éventail de domaines critiques, abordant des facteurs tels que l’établissement microbien, la communication intercellulaire, la persistance et la dynamique complexe des interactions entre les phages. Les équipes étudient les micro-organismes ayant des propriétés spécifiques pertinentes pour la production alimentaire, en particulier ceux qui présentent des risques après ingestion.
Le portefeuille de recherche couvre un large éventail de sujets, notamment la physiopathologie, la résistance aux antibiotiques, les propriétés émergentes des biofilms et les conséquences épigénétiques des infections bactériennes. Les recherches sont multiples, explorant l’impact des parois cellulaires sur les interactions microbiennes et la transition des bactéries du commensalisme à la pathogenèse. Cette approche holistique, qui intègre des connaissances moléculaires et génomiques de pointe, permet à ces équipes de relever des défis scientifiques tels que l’innovation thérapeutique, la dysbiose du microbiote, les risques infectieux et les applications potentielles des bactériophages dans les domaines de la santé et de l’industrie. Collectivement, le travail des équipes BAP met en lumière des aspects critiques de la microbiologie dans le but d’améliorer la prévention des infections et les stratégies thérapeutiques pour améliorer la santé humaine et animale dans un paysage microbien en évolution.
Responsable du pole: Romain Briandet
Mécanismes moléculaires, génome, métabolisme, adaptation, virulence, réponse de l’hôte, immunité, épigénétique, pathobiomes, bactériophages, paroi cellulaire, membrane cellulaire, antibiotiques et alternatives, quorum sensing, matrice alimentaire, biofilms.
Le pilier ” Ecosystèmes alimentaires et digestifs (FDA) ” de MICALIS est composé de 8 équipes Micalis (Amipem, ChemSyBio, FME, FInE, Probihôte, MIHA, PhylHom, NutriPhage) qui explorent collectivement les écosystèmes microbiens alimentaires et intestinaux et les interactions fonctionnelles entre l’aliment, le microbiote et l’hôte. Ces équipes considèrent les écosystèmes microbiens complexes des aliments et de l’intestin humain comme des éléments fondamentaux pour la préservation de la qualité des aliments et de la santé humaine. Leurs principaux objectifs sont de comprendre les mécanismes qui régissent le maintien de l’homéostasie des interactions entre l’aliment, le microbiote et l’hôte, ainsi que les conditions qui perturbent cet équilibre et contribuent ainsi potentiellement à l’apparition ou à la chronicité de diverses pathologies immunitaires, métaboliques ou dégénératives qui se développent actuellement dans les économies modernes et émergentes. Les travaux du pôle FDA sont orientés vers la dynamique structurelle et fonctionnelle des écosystèmes microbiens de la chaîne alimentaire, sur la diaphonie entre les micro-organismes et les cellules humaines et, plus généralement, sur les interactions entre le microbiote et la physiologie humaine.
La compréhension du rôle potentiel du microbiote intestinal dans des pathologies chroniques graves, fréquentes et/ou incurables d’étiologie inconnue permettra de développer des outils de diagnostic et de pronostic ainsi qu’une nutrition préventive et des applications thérapeutiques innovantes basées sur le principe qu’une modification des paramètres du microbiote pourrait contribuer à maintenir ou à restaurer un contexte global sain.
Responsable du pole : Philippe Langella
Microbiote, micro-organismes commensaux, micro-organismes probiotiques, métagénome, prébiotiques, synbiotiques, postbiotiques, métabolome, inflammation, alimentation, nutrition, normobiose, dysbiose, dialogue microbes-hôtes, innovations nutritionnelles et thérapeutiques, cohortes, mode d’action
Le pilier “Microbiologie Systémique et Synthétique” (MSS) comprend 5 équipes Micalis qui contribuent collectivement à décrypter et exploiter les fonctions des bactéries et des levures par des approches holistiques et interdisciplinaires. Nos ambitions sont les suivantes comprendre les mécanismes moléculaires ainsi que les principes généraux régissant les processus cellulaires chez les micro-organismes ; acquérir une compréhension systémique du métabolisme des bactéries et des levures ; construire des modèles prédictifs et explicatifs intégrant les processus cellulaires, combiner des approches d’ingénierie in silico et expérimentale pour générer des micro-organismes avec des propriétés prédéterminées soutenant l’innovation en biotechnologie.
Le portefeuille de recherche couvre un large éventail de sujets allant de la recherche appliquée à la recherche fondamentale, tels que la construction et le contrôle de communautés microbiennes synthétiques pour la bioproduction, la bioproduction à partir de sources renouvelables par des approches de biologie synthétique, la construction de flux de travail pour automatiser la conception et l’ingénierie en biologie synthétique, la biodétection et la bio-informatique dans les systèmes cellulaires et acellulaires, l’ingénierie des boîtes à outils génétiques et des outils d’ingénierie des génomes, l’étude en temps réel sur cellule unique des mutations et de leurs conséquences évolutives, l’infection par les phages, le mode d’action et la résistance aux antibiotiques, le cytosquelette bactérien et la morphogenèse cellulaire.
Les équipes du pôle MSS étudient des organismes modèles (notamment Bacillus subtilis et Escherichia coli) ainsi que des micro-organismes aux propriétés spécifiques pertinentes pour la bioproduction. Collectivement, les travaux des équipes de MSS contribuent à relever de grands défis dans les domaines de la santé, de l’alimentation et de l’environnement en exploitant rationnellement les formidables capacités de biosynthèse et de transformation des bactéries et des levures.
Responsable du pole : Rut Carballido-López
Biologie des systèmes, biologie synthétique, mécanismes moléculaires, ingénierie métabolique, usines cellulaires, biologie cellulaire bactérienne, modélisation mathématique, biocapteurs, métabolisme lipidique de la levure, morphogenèse, mutagenèse, antibiotiques, phages, évolution, microfluidique, microscopie à fluorescence.
These axes integrate the efforts of multiple teams across the thematic pillars and are pivotal in fostering innovative research directions.
Lutter contre la résistance aux antimicrobiens
Alimentation, aliments fermentés et Microbiote
