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FInE

Fonctionnalité de l'écosystème intestinal

Le microbiote intestinal humain, tel que nous le connaissons aujourd’hui, semble être très complexe. Afin de progresser vers une compréhension holistique du microbiote intestinal, y compris de sa composante non cultivable, encore majoritaire à ce jour, nous avons contribué au développement d’une nouvelle et puissante approche, la métagénomique, qui a permis des progrès rapides dans la caractérisation de la diversité génomique et génétique du microbiote intestinal. Par exemple, le génome microbien (microbiome) de chaque individu contient ~28 fois plus de gènes que le génome humain. Le microbiote est d’ailleurs considéré comme un organe hôte à part entière.

L’équipe FInE vise à approfondir la compréhension actuelle du rôle fondamental joué par le microbiote dans la santé humaine. Notre objectif est de mieux comprendre les mécanismes de la symbiose homme-microbe et l’influence de notre alimentation, en particulier l’importance des fibres, des polyphénols et des probiotiques, afin de définir des stratégies pour sa modulation. FInE est une équipe mixte rattachée aux départements MICA et AlimH de l’INRAE. Elle est étroitement liée à MetaGenoPolis puisqu’elle a contribué à l’émergence de deux de ses plateformes (SAMBO et MétaFun).

Nos recherches s’articulent autour de quatre axes principaux menés par les chercheurs de l’équipe et soutenus par 4 ateliers techniques et une plateforme de fermenteurs en collaboration avec le MGP.

Axes de recherche

  • Anorexia nervosa and microbiota - FInEImpact des habitudes alimentaires ou de la dénutrition sur l’écologie intestinale.
  • Rôle de la modulation microbienne sur l’issue de la maladie et le traitement.
  • Rôle du microbiote dysbiotique sur la physiologie de l’hôte liée à l’AN (dysrégulation hormonale, modulation du poids, comportement…).
 
  • Impact of food, probiotics… on intestinal ecology - FInEUtilisation de fermenteurs et d’écrans pour évaluer l’impact des aliments (fibres, aliments fermentés, polyphénols, prébiotiques, molécules naturelles (végétales/minérales)), des exo-molécules et des bactéries : pathogènes, commensales, probiotiques.
  • Richesse de la diversité (ARNr 16S), métabolites (SCFA…), métagénomique quantitative, test sur système rapporteur de cellules épithéliales et tests enzymatiques, évolution des bactéries (pathogènes ou commensales).

A new concept of critical transition in the intestinal ecosystem - FInE

Analyse de l’écologie et de la stabilité du microbiote dans des modèles in vivo (colite, alimentation…) et confirmation dans des cohortes humaines Analyse 16S et métagénomique, modèles in vivo.

Response of the host to microbial modulations - FInE

  • Role of innate immune receptors on intestinal homeostasis (obesity, colitis and colorectal cancer).
  • Role of the microbiota on enteroendocrine cells plasticity, impact on gut hormones
  • Tools used: cell biology (reporter cell lines, CRISPR-Cas9 gene editing, organoids), in vivo analysis (KO and mouse models for cell sorting), transcriptomics, peptidomics

Membres de l'équipe

Indira DENNEMONT

Delphine POLVE

Alice MALET

Lucas MIDOUX

Laura CHIARAVANO

Catherine JUSTE

Pierre LARRAUFIE

Adèle TREUIL-DUSSOUET

Maarten VAN DE GUCHTE

Joël DORE

Mouna HANACHI GUIDOM

Fabienne BEGUET CRESPEL

Camille LE GLEAU

Tristan GABRIEL

Alexandre JAMET

Patrick VEIGA

Stanislas MONDOT

Rozenn DERVYN

Nicolas LAPAQUE

Christel MAILLET

Romane MARION

Colombe ROUS

Julie CADIOU

Christelle BRESSUIRE

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