L’équipe Interactions du Microbiote avec l’Homme et l’Animal (MIHA) de l’INRAE s’intéresse à l’étude des interactions entre le microbiote intestinal et son hôte et à leur rôle dans l’inflammation digestive. Plus spécifiquement, nous nous concentrons sur l’analyse des fonctions du microbiome qui sont modulées dans les conditions inflammatoires. Dans ce contexte, l’équipe analyse le rôle clé du déséquilibre protéolytique observé chez les patients atteints de maladies inflammatoires de l’intestin et du syndrome inflammatoire de l’intestin. À cette fin, nous isolons des gènes et/ou des signatures bactériennes qui sont associés à ces maladies et nous explorons leurs effets sur la réponse de l’holobiont (l’hôte et son microbiote). Nous étudions également l’impact des aliments et du régime alimentaire en tant que source de protéases et d’antiprotéases qui pourraient être utilisées pour restaurer l’homéostasie protéolytique.
Les maladies inflammatoires de l’intestin (MII) sont des troubles digestifs multifactoriels dont l’incidence augmente dans le monde entier et dont les traitements sont coûteux et non curatifs. Les approches thérapeutiques existantes ont une efficacité variable et les patients peuvent développer une résistance au traitement (par exemple, une résistance aux corticostéroïdes). De nouvelles approches thérapeutiques sont donc nécessaires. Nous avons précédemment montré que les activités protéolytiques étaient accrues chez les patients atteints de MICI et, dans un modèle de souris, que le rétablissement de l’équilibre protéolytique réduisait de manière significative l’inflammation intestinale. De plus, nous avons démontré que les gènes du microbiote intestinal humain codant pour les protéases à sérine étaient plus abondants chez les patients atteints de MICI que chez les sujets sains. Nous avons récemment analysé les activités protéolytiques chez les personnes atteintes de MICI et découvert des groupes distincts définis par la variabilité de leur profil protéolytique interindividuel. Ces groupes sont des cibles potentielles pour concevoir des thérapies sur mesure à base d’inhibiteurs de protéase visant à restaurer l’équilibre protéolytique, réduisant ainsi l’inflammation intestinale.
Pour atteindre cet objectif, l’équipe MIHA s’appuie sur son expertise en biochimie, microbiologie, biostatistique et physiopathologie. Notre connaissance des modèles ex vivo (Gut-on-Chip) et in vivo, y compris les modèles animaux précliniques, est l’un des domaines d’expertise de l’équipe. L’équipe s’appuie sur des collaborations étroites avec des cliniciens humains pour constituer de grandes cohortes de patients.
Avec les progrès de la recherche sur le microbiome au cours des dernières décennies, de nombreuses tentatives ont été consacrées à l’identification des principaux facteurs qui façonnent le microbiote commensal dans l’intestin. Parmi les multiples facteurs impliqués, l’alimentation apparaît comme un déterminant essentiel de la structure et de la fonction de la communauté du microbiote intestinal dans des conditions saines et pathologiques. Notre équipe étudie les interactions entre l’alimentation, le microbiote et l’homme dans l’inflammation digestive chronique. Un axe de recherche central concerne le rôle des protéases et antiprotéases alimentaires dans la dysbiose du microbiome intestinal, le dysfonctionnement de la barrière et le déséquilibre protéolytique dans les MICI. Nous visons également à explorer le mécanisme sous-jacent des aliments fermentés dans la modulation de la réponse inflammatoire.
Tous les articles de l’équipe sont disponibles dans la collection MIHA-MICALIS sur HAL.
WO2022058372A1 • 2022-03-24 • Parabacteroides distasonis strains for use thereof in the treatment and prevention of gastrointestinal diseases and of disorders associated with gastrointestinal diseases
