L’équipe PhylHom se concentre sur le microbiome humain et l’impact des xénobiotiques (expositions alimentaires et environnementales, médicaments, etc.) sur ces écosystèmes complexes, en combinant des compétences en écologie microbienne, en microbiologie anaérobie et en méta-omique. L’impact des expositions sur le microbiome est déterminé dans une série de conditions pathologiques et associées à la santé (développement neurologique, prématurité, réponse thérapeutique, maladies inflammatoires, cancer, etc.) dans le cadre de projets de recherche translationnelle impliquant des cliniciens et des épidémiologistes.
Nous avons développé un pipeline in vitro pour évaluer de manière dynamique l’impact des facteurs biotiques et abiotiques sur les microbiomes dérivés de l’hôte. En outre, nous construisons des communautés microbiennes synthétiques à partir de ces échantillons dans des conditions anaérobies.
En nous appuyant sur notre expertise en écologie microbienne dans différents écosystèmes, nous assemblons des microcosmes microbiens pertinents pour élucider les effets des xénobiotiques sur le microbiote et, par conséquent, sur la santé humaine. En outre, nous proposons des stratégies de modulation telles que des interventions nutritionnelles pour prévenir et/ou atténuer les effets néfastes.
Les microbiomes humains jouent un rôle essentiel dans le maintien de la santé et l’apparition de maladies. Au sein de notre équipe, nous sommes particulièrement intéressés par la dynamique du microbiome dans l’écosystème gastro-intestinal et les sites distaux tels que la cavité cervicovaginale. Par exemple, nous participons activement à des études cliniques visant à identifier les biomarqueurs microbiens associés aux résultats des naissances prématurées, aux infections à Clostridium sp. dans les unités de soins intensifs néonatals, ainsi qu’aux cohortes touchées par le cancer ou les maladies chroniques. En outre, nous étudions les contributions mécanistiques des communautés microbiennes complexes, en nous concentrant sur leur implication dans la santé par le biais d’examens des interactions microbe-microbe et microbe-cellule hôte.
Modulating the gut microbiome is of high interest, either to prevent or treat dysbiosis-associated diseases or symptoms. The amplitude of desired modulations depends on the targeted dysbiosis and populations. In the team, we mainly focus on nutritional interventions (for instance, with the purpose of prevention of endocrine disruptors’ deleterious effects or Crohn’s disease patients) and/or fecal microbiota transplantation (as therapeutic support in cancer patients). Our objectives are to disentangle how the beneficial effects of these strategies are mediated by their direct or indirect impact on the gut microbiome.
Les microbes sont des dégradateurs, des accumulateurs et des modificateurs de xénobiotiques bien connus. Alors que ce phénomène est principalement étudié dans les écosystèmes environnementaux tels que les sols ou les eaux usées, les capacités de détoxification des microbiomes humains sont largement négligées, bien qu’ils soient constamment exposés à ces molécules. Pour évaluer à la fois l’impact de l’exposition aiguë et chronique aux xénobiotiques (perturbateurs endocriniens, toxines dont toxines alimentaires, médicaments et contaminants émergents) sur le microbiome et le métabolisme de ces xénobiotiques par les bactéries commensales, nous nous appuyons sur des communautés microbiennes synthétiques spécifiques de populations vulnérables (nourrissons, populations à faible diversité alimentaire, populations exposées aux PE, patients souffrant de maladies inflammatoires…. ) ou de sites corporels (intestin, muqueuse, vagin, etc.) pour déterminer le devenir des xénobiotiques, leur impact sur ces SynCom, et les interactions entre ces microbiomes modifiés et l’hôte.
Tous les articles de l’équipe sont disponibles dans la collection PHYLHOM-MICALIS sur HAL.
Principales sources de financement passées : ANR (2019, 2018, 2015, 2014, 2013), ANR-DFG (2013), PHRC (2014, 2014), INCa (2016, 2012), IA-RHU (2017), INRAE-Metaprogram (2012).
